液体菌种是采用生物培养(发酵)设备，通过液体深层培养(发酵)的方式生产食用菌菌球，作为食用菌栽培的种子。其液体菌种是相对固体菌种(木屑、棉壳、麦麸、枝条等)的物理液体菌种生产设备性状而言的。液体菌种具有固体菌种不可比拟的优势:
其一是制种快:在液体菌种培养罐内菌体细胞处于最适温度、酸碱度、氧气、碳氮比等条件下，以动态方式培养，菌丝分裂迅速，在短期内能获得大量菌丝体(球)。固体菌种培养，其菌丝体是以自然数的速度自上而下匀速生长;而液体菌种培养，其菌体细胞是以几何数字的倍数加速增殖。生产液体菌种一般2~4天完成一个培养周期，而固体菌种从原种再到栽培种，每级扩繁都得1个多月。
其二是活力强。液体菌种不仅营养、温度、氧气、酸碱度等环境通过控制，最大限度地满足了菌体的生长需求，而且呼吸作用产生的代谢废气能及时排除，新陈代谢旺盛，所有菌球菌龄基本一致，因此菌丝活力强。而固体菌种菌体细胞代谢物积留混杂于培养基营养物中间，自然影响菌体质量�？銮夜烫寰滞瞧�(袋)上下菌龄不一致，下面刚长好，上面可能老化，并失去活力。
其三是纯度高。液体菌种所用母种一般需经筛选纯化制备而成，种源纯度高。而固体菌种所用斜面母种经一些商家无限转代后纯度降低。液体菌种培养是在密闭罐体内运行，供氧系统空气经过滤，其纯度达到99.999999%，从而保证所培养的液体菌种是纯种。
其四是防污染。液体菌种具有流动性，接种后易分散，萌发点多，菌球接入后萌发快，在适宜条件下，接种后24小时左右菌丝布满接种面，使栽培污染得到有效控制。而固体菌种接种时，菌体经过剥离与撕裂和药物薰杀，从萌发吃料到封闭接种面，一般得5~7天。所以杂菌污染机率多。
其五是缩短栽培周期。液体菌种使栽培发菌速度快一倍，出菇集中，减少潮次，周期缩短，栽培的用工、能耗、场地等成本都大大下降。有的品种(如杏鲍菇、金针菇)从制种到栽培、采收上市不超过30天，更容易抓季节，赶行情。
其六是成本低。每罐菌种成本100元左右，接种4000~5000袋，菌种成本不超过3分钱。